L’ENEF est l’aboutissement d’une évolution structurelle dont les origines remontent à l’année 1948.
En effet, suite à la création du corps des gardes forestiers de la Haute-Volta par arrêté n°883-CP-/EF du 16 août 1948, il a été créé une école de gardes forestiers sise à Dindéresso par décision n°2-CP du 02 janvier 1953 du gouverneur.
L’organisation du service des eaux et forêts de la Haute-Volta par décret n°52-PRES-ELEF du 18 avril 1959 avait mise en place une section de l’enseignement forestier et des recherches comprenant un établissement public spécialisé c’est-à-dire l’Ecole Forestière de la Haute-Volta. Lagestion était assurée par le Directeur adjoint du service des eaux et forêts, chef de l’inspection forestière de Bobo-Dioulasso. L’école assurait la formation du personnel du corps des préposés des eaux et forêts, des moniteurs de reboisement de pisciculture, de pêche, de conservation des sols pour les besoins des secteurs administratifs et en particulier des correspondants techniques auprès des organismes d’action rurale.
Suite à la création du corps des agents techniques des eaux et forêts par décret n°70-132-PRES-T.F.PP du 02 juillet 1970, il a été créé une Ecole Nationale d’Agent Techniques des Eaux et Forêts par décret n°72-163/PM.AGRI.EL du 26 août 1972. Cette école était chargée de la formation professionnelle, technique et du perfectionnement des agents recrutés dans le corps.
En 1984, il a été créé par décret n°84-222/CNR.PRES.MET du 13 juin 1984, une Ecole Nationale Forestière de Dinderesso (ENF-D). L’ENF-D avait pour mission la formation des Préposés, des Agents techniques et des Contrôleurs des eaux et forêts admis aux concours directs et la formation des agents admis aux concours professionnels.
Le Décret n°2001-272/PRES.MEE/MEF du 08 juin 2001 consacre sa dernière évolution structurelle. L ENF-D est devenu l’Ecole Nationale des Eaux et Forêts (ENEF) avec pour statut juridique, celui d’un Etablissement Public de l’Etat (EPE) à caractère administratif doté de la personnalité morale et de l’autonomie de gestion.
En 2004 la restructuration a consacré l’évolution des mandats de l’ENEF
En 2012, grâce à la coopération Japon-Burkina, l’ENEF a reçu un financement dit : « aide non remboursable du Japon pour l’environnement et le Changement climatique » pour renforcer les capacités d’enseignements et de formation professionnelle continue.